A szájüregben több mint 500 különböző baktérium és számos gomba található, amelyek az emésztőrendszer fontos részét képezik, mivel feldolgozzák a fehérjét és lebontják az ételmaradékot. Optimális esetben a baktériumok és a gombák egyensúlyban vannak, és mennyiségüket saját maguk szabályozzák.